Noi:LabNotes/2010-10-21: Difference between revisions

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==Probe prep for the DMR220k S4 and S5==
(followed Dr. Zhang's conditions)


===Production PCR===
                                                                     
    10nM 1st round amplicon      0.2ul               
    2x Kapa SYBG qPCR Master Mix  50ul       
    100uM pAP1V61U              0.4ul                 
    100uM AP2V6                  0.4ul                     
    H2O                          49ul                         
    ===================================
                                100ul x 96
    95C 30sec -> (95C 3sec -> 55C 30sec-> 60C 20sec) x 16 -> 60C 2min -> 15C hold.
    Ethanol precipitation; re-purified with twelve Qiaquick columns, each eluted with 40ul EB (total vol: 12 x 40 = 480ul).
   
                                                                                        DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
    Amplified amplicon conc. (ng/ul)                                                   
    O.D.260/280                                   
    Yield: conc. x total vol.
===Lambda exo digestion=== 
                                                                                          DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
  Qiaquick amplified amplicon (approx. 20ug)
  10x Lambda Exo buffer
  Lambda exo
  H20
 
-> 37C 1h -> purified with four Qiaquick columns, each eluted with 60ul EB (total vol: 4 x 60 = 240ul).
                                                                                          DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
    Single-strand(SS) amplicon conc. (ng/ul)                                                   
    O.D.260/280                                   
    Yield: conc. x total vol.

Latest revision as of 09:22, 28 October 2010