Noi:LabNotes/2010-10-21: Difference between revisions

From ZhangLabWiki
Jump to navigation Jump to search
>Noi
No edit summary
>Noi
(Blanked the page)
 
(9 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
==Probe prep for the DMR220k S4 and S5==
(followed Dr. Zhang's conditions)


===Production PCR===
    10nM 1st round amplicon      0.2ul               
    2x Kapa SYBG qPCR Master Mix  50ul       
    100uM pAP1V61U              0.4ul                 
    100uM AP2V6                  0.4ul                     
    H2O                          49ul                         
    ===================================
                                100ul x 96
    95C 30sec -> (95C 3sec -> 55C 30sec-> 60C 20sec) x 16 -> 60C 2min -> 15C hold.
    Ethanol precipitation; re-purified with twelve Qiaquick columns, each eluted with 40ul EB (total vol: 12 x 40 = 480ul).
                                          DMR220k_S4                            DMR220k_S5
  Amplified amplicon conc. (ng/ul)          93.2                                    92.5                                                 
  O.D.260/280                              1.93                                    1.92                           
  Yield: conc. x total vol.                2.35                                    2.35
===Lambda exo digestion===
      DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
    Qiaquick amplified amplicon (approx. 20ug)      16    15
    10x Lambda Exo buffer
    Lambda exo
    H20
 
-> 37C 1h -> purified with four Qiaquick columns, each eluted with 60ul EB (total vol: 4 x 60 = 240ul).
                                                                                          DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
    Single-strand(SS) amplicon conc. (ng/ul)                                                   
    O.D.260/280                                   
    Yield: conc. x total vol.

Latest revision as of 09:22, 28 October 2010