Noi:LabNotes/2010-10-21: Difference between revisions

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==Probe prep for the DMR220k S4 and S5==
(followed Dr. Zhang's conditions)


===Production PCR===
    10nM 1st round amplicon      0.2ul               
    2x Kapa SYBG qPCR Master Mix  50ul       
    100uM pAP1V61U              0.4ul                 
    100uM AP2V6                  0.4ul                     
    H2O                          49ul                         
    ===================================
                                100ul x 96
    95C 30sec
    (95C 3sec -> 55C 30sec-> 60C 20sec) x 15 cycles
    60C 2min 
    15C hold.
   
    Ethanol precipitation; re-purified with twelve Qiaquick columns, each eluted with 40ul EB (total vol: 12 x 40 = 480ul).
                                            '''DMR220k_S4'''                            '''DMR220k_S5'''
  Amplified amplicon conc. (ng/ul)            194.2                                  192.7                                               
  O.D.260/280                                1.93                                    1.92                           
  Yield: conc. x total vol. 194.2ng/ulx480ul= 93.2ug              192.7ng/ulx480ul = 92.5ug
===Lambda exo digestion===
 
                                          '''DMR220k_S4'''                        '''DMR220k_S5'''
    Qiaquick amplified amplicon (approx. 20ug)      16    15
    10x Lambda Exo buffer
    Lambda exo
    H20
 
-> 37C 1h -> purified with four Qiaquick columns, each eluted with 60ul EB (total vol: 4 x 60 = 240ul).
                                                                                          DMR220k_S4                                            DMR220k_S5
    Single-strand(SS) amplicon conc. (ng/ul)                                                   
    O.D.260/280                                   
    Yield: conc. x total vol.

Latest revision as of 09:22, 28 October 2010