Arichard:Reagents/celseq primers: Difference between revisions

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===Diluted primer layout===
===Diluted primer layout===
# Dilute primers to 32 pmol/ul, 3.2 pmol/ul, and 0.32 pmol/ul, depending on input (Note that each primer must be diluted separately for each sample):
## Add 16 ul of 100 pmol/ul primer to 84 ul H2O --> 100 ul 32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 1 ng total RNA.
## Add 10 ul of 32 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 3.2 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 100 pg total RNA.
## Add 10 ul of 3.2 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 0.32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 10 pg total RNA.
{| {{table}}
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''100 ul each well'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''1'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''2'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''3'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''4'''
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| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''9'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''10'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''11'''
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''12'''
|-
| Concentration||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul
|-
| A||Primer #1||Primer #1||Primer #1||Primer #2||Primer #2||Primer #2||Primer #3||Primer #3||Primer #3||Primer #4||Primer #4||Primer #4
|-
| B||Primer #5||Primer #5||Primer #5||Primer #6||Primer #6||Primer #6||Primer #7||Primer #7||Primer #7||Primer #8||Primer #8||Primer #8
|-
| C||Primer #9||Primer #9||Primer #9||Primer #10||Primer #10||Primer #10||Primer #11||Primer #11||Primer #11||Primer #12||Primer #12||Primer #12
|-
| D||Primer #13||Primer #13||Primer #13||Primer #14||Primer #14||Primer #14||Primer #15||Primer #15||Primer #15||Primer #16||Primer #16||Primer #16
|-
| E||Primer #17||Primer #17||Primer #17||Primer #18||Primer #18||Primer #18||Primer #19||Primer #19||Primer #19||Primer #20||Primer #20||Primer #20
|-
| F||Primer #21||Primer #21||Primer #21||Primer #22||Primer #22||Primer #22||Primer #23||Primer #23||Primer #23||Primer #24||Primer #24||Primer #24
|-
| G||Primer #25||Primer #25||Primer #25||Primer #26||Primer #26||Primer #26||Primer #27||Primer #27||Primer #27||Primer #28||Primer #28||Primer #28
|-
| H||Primer #29||Primer #29||Primer #29||Primer #30||Primer #30||Primer #30||Primer #31||Primer #31||Primer #31||Primer #32||Primer #32||Primer #32
|-
|
|}

Revision as of 22:05, 14 February 2013

CEL-Seq RT primer layout

Stock layout

  • Barcoded RT primers are in 48 wells of a 92 well plate at 200 uM each, in the following layout:
Barcode number 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
A 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
B 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
C 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
D 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48
E Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty
F Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty
G Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty
H Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty Empty
  • Serial dilutions are necessary to dilute the RT primers to the correct concentration.

Diluted primer layout

  1. Dilute primers to 32 pmol/ul, 3.2 pmol/ul, and 0.32 pmol/ul, depending on input (Note that each primer must be diluted separately for each sample):
    1. Add 16 ul of 100 pmol/ul primer to 84 ul H2O --> 100 ul 32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 1 ng total RNA.
    2. Add 10 ul of 32 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 3.2 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 100 pg total RNA.
    3. Add 10 ul of 3.2 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 0.32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 10 pg total RNA.
100 ul each well 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
Concentration 32 pmol/ul 3.2 pmol/ul 0.32 pmol/ul 32 pmol/ul 3.2 pmol/ul 0.32 pmol/ul 32 pmol/ul 3.2 pmol/ul 0.32 pmol/ul 32 pmol/ul 3.2 pmol/ul 0.32 pmol/ul
A Primer #1 Primer #1 Primer #1 Primer #2 Primer #2 Primer #2 Primer #3 Primer #3 Primer #3 Primer #4 Primer #4 Primer #4
B Primer #5 Primer #5 Primer #5 Primer #6 Primer #6 Primer #6 Primer #7 Primer #7 Primer #7 Primer #8 Primer #8 Primer #8
C Primer #9 Primer #9 Primer #9 Primer #10 Primer #10 Primer #10 Primer #11 Primer #11 Primer #11 Primer #12 Primer #12 Primer #12
D Primer #13 Primer #13 Primer #13 Primer #14 Primer #14 Primer #14 Primer #15 Primer #15 Primer #15 Primer #16 Primer #16 Primer #16
E Primer #17 Primer #17 Primer #17 Primer #18 Primer #18 Primer #18 Primer #19 Primer #19 Primer #19 Primer #20 Primer #20 Primer #20
F Primer #21 Primer #21 Primer #21 Primer #22 Primer #22 Primer #22 Primer #23 Primer #23 Primer #23 Primer #24 Primer #24 Primer #24
G Primer #25 Primer #25 Primer #25 Primer #26 Primer #26 Primer #26 Primer #27 Primer #27 Primer #27 Primer #28 Primer #28 Primer #28
H Primer #29 Primer #29 Primer #29 Primer #30 Primer #30 Primer #30 Primer #31 Primer #31 Primer #31 Primer #32 Primer #32 Primer #32