Arichard:Reagents/celseq primers: Difference between revisions
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>Andrew (Created page with "==CEL-Seq RT primer layout== ===Stock layout=== * Barcoded RT primers are in 48 wells of a 92 well plate at 200 uM each, in the following layout: {| {{table}} | align="cent...") |
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===Diluted primer layout=== | ===Diluted primer layout=== | ||
# Dilute primers to 32 pmol/ul, 3.2 pmol/ul, and 0.32 pmol/ul, depending on input (Note that each primer must be diluted separately for each sample): | |||
## Add 16 ul of 100 pmol/ul primer to 84 ul H2O --> 100 ul 32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 1 ng total RNA. | |||
## Add 10 ul of 32 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 3.2 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 100 pg total RNA. | |||
## Add 10 ul of 3.2 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 0.32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 10 pg total RNA. | |||
{| {{table}} | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''100 ul each well''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''1''' | |||
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| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''12''' | |||
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| Concentration||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul||32 pmol/ul||3.2 pmol/ul||0.32 pmol/ul | |||
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| A||Primer #1||Primer #1||Primer #1||Primer #2||Primer #2||Primer #2||Primer #3||Primer #3||Primer #3||Primer #4||Primer #4||Primer #4 | |||
|- | |||
| B||Primer #5||Primer #5||Primer #5||Primer #6||Primer #6||Primer #6||Primer #7||Primer #7||Primer #7||Primer #8||Primer #8||Primer #8 | |||
|- | |||
| C||Primer #9||Primer #9||Primer #9||Primer #10||Primer #10||Primer #10||Primer #11||Primer #11||Primer #11||Primer #12||Primer #12||Primer #12 | |||
|- | |||
| D||Primer #13||Primer #13||Primer #13||Primer #14||Primer #14||Primer #14||Primer #15||Primer #15||Primer #15||Primer #16||Primer #16||Primer #16 | |||
|- | |||
| E||Primer #17||Primer #17||Primer #17||Primer #18||Primer #18||Primer #18||Primer #19||Primer #19||Primer #19||Primer #20||Primer #20||Primer #20 | |||
|- | |||
| F||Primer #21||Primer #21||Primer #21||Primer #22||Primer #22||Primer #22||Primer #23||Primer #23||Primer #23||Primer #24||Primer #24||Primer #24 | |||
|- | |||
| G||Primer #25||Primer #25||Primer #25||Primer #26||Primer #26||Primer #26||Primer #27||Primer #27||Primer #27||Primer #28||Primer #28||Primer #28 | |||
|- | |||
| H||Primer #29||Primer #29||Primer #29||Primer #30||Primer #30||Primer #30||Primer #31||Primer #31||Primer #31||Primer #32||Primer #32||Primer #32 | |||
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|} |
Revision as of 22:05, 14 February 2013
CEL-Seq RT primer layout
Stock layout
- Barcoded RT primers are in 48 wells of a 92 well plate at 200 uM each, in the following layout:
Barcode number | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
A | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
B | 13 | 14 | 15 | 16 | 17 | 18 | 19 | 20 | 21 | 22 | 23 | 24 |
C | 25 | 26 | 27 | 28 | 29 | 30 | 31 | 32 | 33 | 34 | 35 | 36 |
D | 37 | 38 | 39 | 40 | 41 | 42 | 43 | 44 | 45 | 46 | 47 | 48 |
E | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty |
F | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty |
G | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty |
H | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty | Empty |
- Serial dilutions are necessary to dilute the RT primers to the correct concentration.
Diluted primer layout
- Dilute primers to 32 pmol/ul, 3.2 pmol/ul, and 0.32 pmol/ul, depending on input (Note that each primer must be diluted separately for each sample):
- Add 16 ul of 100 pmol/ul primer to 84 ul H2O --> 100 ul 32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 1 ng total RNA.
- Add 10 ul of 32 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 3.2 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 100 pg total RNA.
- Add 10 ul of 3.2 pmol/ul primer to 90 ul H2O --> 100 ul 0.32 pmol/ul primer. Use 0.5 ul of this per 10 pg total RNA.
100 ul each well | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 |
Concentration | 32 pmol/ul | 3.2 pmol/ul | 0.32 pmol/ul | 32 pmol/ul | 3.2 pmol/ul | 0.32 pmol/ul | 32 pmol/ul | 3.2 pmol/ul | 0.32 pmol/ul | 32 pmol/ul | 3.2 pmol/ul | 0.32 pmol/ul |
A | Primer #1 | Primer #1 | Primer #1 | Primer #2 | Primer #2 | Primer #2 | Primer #3 | Primer #3 | Primer #3 | Primer #4 | Primer #4 | Primer #4 |
B | Primer #5 | Primer #5 | Primer #5 | Primer #6 | Primer #6 | Primer #6 | Primer #7 | Primer #7 | Primer #7 | Primer #8 | Primer #8 | Primer #8 |
C | Primer #9 | Primer #9 | Primer #9 | Primer #10 | Primer #10 | Primer #10 | Primer #11 | Primer #11 | Primer #11 | Primer #12 | Primer #12 | Primer #12 |
D | Primer #13 | Primer #13 | Primer #13 | Primer #14 | Primer #14 | Primer #14 | Primer #15 | Primer #15 | Primer #15 | Primer #16 | Primer #16 | Primer #16 |
E | Primer #17 | Primer #17 | Primer #17 | Primer #18 | Primer #18 | Primer #18 | Primer #19 | Primer #19 | Primer #19 | Primer #20 | Primer #20 | Primer #20 |
F | Primer #21 | Primer #21 | Primer #21 | Primer #22 | Primer #22 | Primer #22 | Primer #23 | Primer #23 | Primer #23 | Primer #24 | Primer #24 | Primer #24 |
G | Primer #25 | Primer #25 | Primer #25 | Primer #26 | Primer #26 | Primer #26 | Primer #27 | Primer #27 | Primer #27 | Primer #28 | Primer #28 | Primer #28 |
H | Primer #29 | Primer #29 | Primer #29 | Primer #30 | Primer #30 | Primer #30 | Primer #31 | Primer #31 | Primer #31 | Primer #32 | Primer #32 | Primer #32 |