AlanFung:Protocol/Mapping: Difference between revisions

From ZhangLabWiki
Jump to navigation Jump to search
>Alan6017518
(Created page with ' 42 ls 43 sudo sh cudasdk_2.3_linux.run 44 cd .. 45 ls 46 cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/ 47 ls 48 cd C/ 49 ls 50 make x86-64=1 51 sudo make …')
 
>Alan6017518
(Replaced content with '*unzip using gzip -d s_*_sequence. *perl')
 
Line 1: Line 1:
  42  ls
*unzip using gzip -d s_*_sequence.
  43  sudo sh cudasdk_2.3_linux.run
*perl
  44  cd ..
  45  ls
  46  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  47  ls
  48  cd C/
  49  ls
  50  make x86-64=1
  51  sudo make x86-64=1
  52  cd bin/linux/release/
  53  ./deviceQuery
  54  ./deviceQuery |less
  55  source /etc/profile
  56  ./deviceQuery |less
  57  source /etc/init.d/nvidiacuda.sh
  58  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release/
  59  ./deviceQuery
  60  source /etc/profile
  61  ./deviceQuery
  62  ls /dev/nvidia*
  63  ls -al /dev/nv*
  64  sudo ./deviceQuery
  65  source /etc/profile
  66  sudo ./deviceQuery
  67  modprobe nvidia
  68  sudo source /etc/init.d/nvidiacuda.sh
  69  source /etc/init.d/nvidiacuda.sh
  70  users
  71  who
  72  modprobe nvidia
  73  sudo vim /etc/init.d/nvidiacuda.sh
  74  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release/
  75  ls
  76  ./deviceQuery
  77  source /etc/profile
  78  ./deviceQuery
  79  modprobe nvidia
  80  sudo mknod -m 666 /dev/nvidia0 c 195 1;
  81  cd /dev
  82  ls
  83  ls | grep nvidia
  84  mknod -m 666 /dev/nvidiactl c 195 255
  85  sudo mknod -m 666 /dev/nvidiactl c 195 255
  86  ls
  87  cd
  88  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release/
  89  ls
  90  ./deviceQuery
  91  lspci | grep -i nvidia
  92  who
  93  nvidia-xconfig
  94  lsmod | grep nvidia
  95  ls -l /dev/nv*
  96  user
  97  users
  98  ls
  99  sudo /etc/init.d/gdm start
  100  ls
  101  cd Desktop/
  102  ls
  103  rm 10-Q05678V2.pdf
  104  cd ..
  105  ls
  106  cd Documents/
  107  ls
  108  cd ..
  109  cd De
  110  ls
  111  cd genemapster/
  112  cd Desktop/
  113  ls
  114  cd Desktop/
  115  ls
  116  gzip -d CMU-CS-90-190.ps.gz
  117  ls
  118  rm CMU-CS-90-190.ps
  119  cd ..
  120  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  121  ls
  122  cd C/bin/linux/release/
  123  ls
  124  ./deviceQuery
  125  source /etc/profile
  126  ;s
  127  ls
  128  ./deviceQuery
  129  ./reduction
  130  cd
  131  cd Desktop/reduction/
  132  ls
  133  cd NVIDIA_CUDA_SDK/
  134  ls
  135  make x86_64=1
  136  make
  137  lsmod | grep nvidia
  138  ls -l /dev/nv*
  139  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/bin/linux/release/
  140  ls
  141  ./deviceQuery
  142  source /etc/profile
  143  ./deviceQuery
  144  ls
  145  ./bandwidthTest
  146  ls
  147  ./clock
  148  ./reduction
  149  ./deviceQuery
  150  ./reduction
  151  ls
  152  ./his
  153  ./histogram
  154  ./scanLargeArray
  155  ls
  156  ./matrixMul
  157  ./sortingNetworks
  158  ./scanLargeArray
  159  cd
  160  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  161  cd C
  162  ls
  163  make clean
  164  sudo make clean
  165  sudo make x86_64=1 -sm13
  166  sudo make x86_64=1 sm13
  167  sudo make x86_64=1 sm_13
  168  make
  169  sudo make x86_64=1
  170  cd bin/linux/release/
  171  ./reduction --shmoo
  172  ./reduction --maxblocks=528
  173  ./reduction --threads=512
  174  ./reduction --n=10000000000000
  175  ./reduction --kernel=0
  176  ./reduction --kernel=1
  177  ./reduction --kernel=2
  178  ./reduction --kernel=3
  179  ./reduction --kernel=4
  180  ./reduction --kernel=5
  181  cd
  182  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C
  183  ;s
  184  ls
  185  sudo make clean
  186  cd ..
  187  ls
  188  cp -r NVIDIA_GPU_Computing_SDK/ Desktop/
  189  cd Desktop/
  190  ls
  191  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  192  l;s
  193  l
  194  ls
  195  cd C/
  196  ls
  197  cd src/
  198  ls
  199  cd
  200  cd Desktop/
  201  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  202  ls
  203  cd C/
  204  ls
  205  make x86_64=1
  206  cd bin/linux/release/
  207  ls
  208  ./reduction
  209  cd
  210  cd /media/disk
  211  ls
  212  cd bowtie-0.12.1/
  213  ls
  214  make
  215  ls
  216  ./bowtie
  217  cd/media/disk
  218  cd/media
  219  cd
  220  cd/media/disk
  221  cd/media
  222  ls
  223  cd documents
  224  cd bowtie-0.12.1
  225  cd desktop
  226  desktop
  227  cd Desktop
  228  ls
  229  cd Documents
  230  ls
  231  cd Document
  232  cd Documents
  233  cd
  234  ls
  235  cd Documents
  236  ls
  237  cd /home
  238  cd /
  239  ls
  240  cd media
  241  ls
  242  cd disk
  243  ls
  244  cd bowtie-0.12.1
  245  ls
  246  cd make
  247  make
  248  Make
  249  Makefile
  250  ebwt_search.cpp
  251  Makefile
  252  ls
  253  make
  254  Makefile
  255  cd Makefile
  256  make
  257  ls
  258  ls
  259  cd Public
  260  ls
  261  up
  262  cd /home
  263  ls
  264  cd jack.yee
  265  ls
  266  cd examples.desktop
  267  ls
  268  cd /home
  269  ls
  270  cd genemapster
  271  ls
  272  cd /home
  273  cd dinh
  274  ls
  275  cd /home
  276  cd genemapster
  277  ls
  278  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDR
  279  cd /
  280  ls
  281  cd media
  282  ls
  283  cd disk
  284  ls
  285  cd bowtie-0.12.1
  286  ls
  287  ~#make
  288  ~make
  289  ls
  290  ~#Makefile
  291  ~#Make
  292  ~#make
  293  cd Desktop/
  294  ls
  295  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/
  296  ls
  297  cd C
  298  ls
  299  make clean
  300  ls
  301  cd Desktop/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/src/reduction/
  302  ls
  303  gcc quicksort.c
  304  ./a.out
  305  cd /media/disk
  306  ls
  307  cd bspp
  308  ls
  309  cd HarvardPD.methylFreq.BED/
  310  ls
  311  vim JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt
  312  cd
  313  cd Desktop/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/src/reduction/
  314  ls
  315  gcc quicksort.c
  316  g++ quicksort.c
  317  gcc quicksort.c
  318  ./a.out
  319  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  320  gcc quicksort.c
  321  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  322  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  323  gcc quicksort.c
  324  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  325  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  326  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  327  gcc quicksort.c
  328  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  329  gcc quicksort.c
  330  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  331  gcc quicksort.c
  332  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  333  gcc quicksort.c
  334  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  335  sudo apt-get install valgrind
  336  cd a
  337  cd /media/disk/bspp/HarvardPD.methylFreq.BED/
  338  ls
  339  gcc quicksort.c
  340  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  341  gcc quicksort.c
  342  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt ls
  343  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-M0124.3-Jan28.BED.txt
  344  cd Desktop/NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/src/reduction/
  345  ls
  346  gcc quicksort.c
  347  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  348  gcc quicksort.c
  349  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  350  gcc quicksort.c
  351  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  352  gcc quicksort.c
  353  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  354  gcc quicksort.c
  355  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  356  gcc quicksort.c
  357  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  358  ls
  359  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  360  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  361  ls
  362  gcc quicksort.c
  363  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  364  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  365  gcc quicksort.c
  366  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  367  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  368  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  369  ls
  370  gcc quicksort.c
  371  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  372  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  373  gcc quicksort.c
  374  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  375  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  376  gcc quicksort.c
  377  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  378  gcc quicksort.c
  379  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  380  gcc quicksort.c
  381  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  382  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  383  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  384  ls
  385  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  386  gcc quicksort.c
  387  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  388  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  389  gcc quicksort.c
  390  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  391  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  392  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  393  ls
  394  gcc quicksort.c
  395  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  396  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  397  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  398  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.s
  399  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  400  ls
  401  gcc quicksort.c
  402  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  403  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  404  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  405  ls
  406  gcc quicksort.c
  407  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  408  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  409  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  410  gcc quicksort.c
  411  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  412  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  413  rm JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  414  ls
  415  cd /media/disk/bspp/HarvardPD.methylFreq.BED/
  416  cd
  417  cd Desktop/
  418  ls
  419  cd NVIDIA_GPU_Computing_SDK/C/src/reduction/
  420  ls
  421  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  422  ls
  423  gcc qsort_example.c
  424  ls
  425  ./a.out
  426  ls
  427  gcc quicksort.c
  428  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt ls
  429  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  430  gcc quicksort.c
  431  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  432  ls
  433  gcc quicksort.c
  434  ./a.out JD-CPG97K+30K-Harvard-B0060.1-Jan22.BED.txt JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  435  ls
  436  ./a.out JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt
  437  ls
  438  vim JD-CPG97K-Harvard-B0047.1-Jan22.BED.txt.sorted
  439  cd /home
  440  ls
  441  cd /
  442  cd ls
  443  ls
  444  cd media
  445  cd /
  446  ls
  447  cd media
  448  ls
  449  cd disk
  450  ls
  451  cd bowtie-0.12.1
  452  ls
  453  make
  454  cd /home
  455  ls
  456  jack.yee
  457  cdjack.ee
  458  cd jack.yee
  459  ls
  460  copy
  461  cd /home
  462  ls
  463  cd  /
  464  ls
  465  cd media
  466  cd \home
  467  cd
  468  cd /
  469  ls
  470  cd media
  471  ls
  472  cd disk
  473  ls
  474  cd bowtie-0.12.1
  475  ls
  476  mae
  477  make
  478  ebwt_search.cpp
  479  cd /
  480  ls
  481  cd /media
  482  ls
  483  cd / disk
  484  ls
  485  cd /media
  486  ls
  487  cd /disk
  488  exit
  489  ls
  490  cd /home/Desktop/advo920
  491  cd Desktop
  492  ls
  493  cd .
  494  cd ..
  495  ls
  496  cd ..
  497  ls
  498  cd advo
  499  vi testfile.cpp
  500  exit
  501  cd /media/disk/bapp/HL040
  502  ls
  503  cd media
  504  cd /..
  505  ls
  506  cd media
  507  ls
  508  cd /disk/bspp/HL0040
  509  cd /disk/bspp/HL0040$
  510  ls
  511  cd disk
  512  ls
  513  cd bspp
  514  ls
  515  cd HL0040
  516  ls
  517  gzip -decompress s_*_sequence.txt.gz
  518  gzip -d s_*_sequence.txt.gz
  519  ls
  520  perl bisMapperWgSoap.pl s_6_sequence.txt &
  521  ps all
  522  history
genemapster@genemapster:/media/disk/bspp/HL0040$ ps all
F  UID  PID  PPID PRI  NI    VSZ  RSS WCHAN  STAT TTY        TIME COMMAND
0    0  3033    1  20  0  3944  608 n_tty_ Ss+  tty4      0:00 /sbin/getty 38400 tty4
0    0  3034    1  20  0  3944  608 n_tty_ Ss+  tty5      0:00 /sbin/getty 38400 tty5
0    0  3037    1  20  0  3944  608 n_tty_ Ss+  tty2      0:00 /sbin/getty 38400 tty2
0    0  3038    1  20  0  3944  604 n_tty_ Ss+  tty3      0:00 /sbin/getty 38400 tty3
0    0  3040    1  20  0  3944  604 n_tty_ Ss+  tty6      0:00 /sbin/getty 38400 tty6
4    0  3488  3483  20  0 141144 43612 select Ss+  tty7      0:16 /usr/X11R6/bin/X :0 -br -audit 0 -auth /var/lib/gdm/:0.Xauth -nolisten tc
0    0  3904    1  20  0  3944  608 n_tty_ Ss+  tty1      0:00 /sbin/getty 38400 tty1
0  1001  3934  3933  18  -2  20352  3456 wait  S<s  pts/0      0:00 -bash
0  1000  3967  3965  18  -2  20944  3776 n_tty_ S<s+ pts/1      0:00 -bash
4  1000  4333  3934  18  -2  43164  1656 wait  S<  pts/0      0:00 su genemapster
0  1000  4340  4333  18  -2  20952  3820 n_tty_ S<+  pts/0      0:00 bash
0  1000  5772  5769  18  -2  20964  3848 wait  S<s  pts/2      0:00 -bash
0  1000  5944  4340  18  -2  18172  2440 wait  S<  pts/0      7:36 perl bisMapperWgSoap.pl s_5_sequence.txt
0  1000  5958  5772  18  -2  18172  2416 sync_p D<  pts/2      7:03 perl bisMapperWgSoap.pl s_6_sequence.txt
0  1000  6024  5944  18  -2 1417424 1119456 sync_p D< pts/0    0:01 /usr/local/soap2.20release/soap -r 0 -v 2 -p 4 -D /media/disk/HsGenome/hg
0  1000  6186  5772  18  -2  6744  932 -      R<+  pts/2      0:00 ps all
genemapster@genemapster:/media/disk/bspp/HL0040$

Latest revision as of 01:25, 24 February 2010

  • unzip using gzip -d s_*_sequence.
  • perl