Dinh/Dinh 2014/NOTES/2014-3-12

From ZhangLabWiki
Jump to navigation Jump to search
Template DNA Amount (ng) Probes Probes to target Annealing temperature Polymerase %Map %unique Specificity Sensitivity #CpGs(1X)
GM12878 - 0615 - Phusion Dual 240 A-F 200 56.4 PhusionU+HemoKlentaq 42% 99%, 42,815 reads 79% 1%
GM12878 - 0615 - Phusion Single 240 A-F 200 56.4 PhusionU+HemoKlentaq 43% 99%, 42,952 reads 80% 1%
GM12878 - 0615 - KAPA 240 A-F 200 56.4 PhusionU+HemoKlentaq 43% 99%, 99,492 reads 42% 1% 171
GM12878 - 0615 - KAPA 60 A-F 200 56.4 HemoKlentaq 64% 99%, 82,224 reads 38% 1% 268
GM12878 - 0615 - KAPA 60 A-F 200 56.4 HemoKlentaq 65% 98%, 94,514 reads 39% 1% 410
GM12878 - 0615 - KAPA 60 A-F 200 56.4 PfuTurboCX 62% 57%, 153,821 reads 61% 1% 1347
GM12878 - 0615 - KAPA 60 A-F 200 56.4 PhusionU 72% 76%, 165,924 reads 70% 2% 3421
GM12878 - 0615 - KAPA 60 A-F 200 56.4 PhusionU 69% 84%, 173,935 reads 59% 1% 3234
H1 p54 - Ctrl TeSR 193.9 A-F 100 55 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
H1 p54 - Activin-A 362 A-F 100 55 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
H1 p47 - Ctrl TeSR 144.95 A-F 100 55 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
H1 p47 - BMP-4 205.6 A-F 100 55 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 A 100 55 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 A 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 A 100 58.8 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 A 100 60 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 A 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 B 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 C 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 D 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 E 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 150 F 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 300 C 100 56.1 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 300 C 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 300 C 100 56.9 HemoKlentaq 53% 98% 81% 2% 63,054
GM12878 300 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 11% 99% 68% 2% 75,542
GM12878 300 A-F 50 56.4 HemoKlentaq 36% 98% 79% 3% 85,528
GM12878 300 A-F 30 56.4 HemoKlentaq 40% 95% 79% 4% 113,509
GM12878 46.5 A-F 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 93 A-F 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
GM12878 341 A-F 100 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
H1 p54 - Ctrl TeSR 501.6 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 37% 87% 55% 15% NA
H1 p54 - Activin A 469.7 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 35% 86% 53% 13% NA
H1 p47 - Ctrl TeSR 314.6 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 44% 74% 56% 15% NA
H1 p47 - BMP-4 308 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 38% 80% 53% 16% NA
hESC - d0 #1 465.3 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 51% 65% 57% 15% NA
hESC - d0 #2 482.9 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 50% 66% 58% 18% NA
hESC - d0 #3 409.2 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 52% 73% 59% 19% NA
DE-d3 #1 430.1 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 55% 62% 60% 19% NA
DE-d3 #2 413.6 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 34% 85% 54% 13% NA
DE-d3 #3 376.2 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 57% 61% 61% 18% NA
naïve ESC #1 413.6 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 48% 66% 50% 8% NA
naïve ESC #2 470.8 A-F 100 56.4 HemoKlentaq 53% 68% 60% 18% NA
HT1080 300 E 200 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
HT1080 300 E 200 56.4 PfuTurboCX NA NA NA NA NA
HT1080 300 E 200 56.4 Stoffel NA NA NA NA NA
HT1080 300 E 200 56.4 KlenTherm NA NA NA NA NA
HT1080 300 E 200 56.4 Truncated Taq NA NA NA NA NA
HT1080 300 E 200 56.4 No polymerase NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 HemoKlentaq NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 KlenTherm NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 KlenTherm NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 No polymerase NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 No polymerase NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 PfuTurboCX NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 PfuTurboCX NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 Stoffel NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 Stoffel NA NA NA NA NA
HT1080 100 A 200 56.4 Truncated Taq NA NA NA NA NA
HT1080 200 A 200 56.4 Truncated Taq NA NA NA NA NA