TCGA Methylation Level 3 Data Colllection
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##################################################################### ### Title : Meta-Analysis to TCGA lung, colon and pancreatic dataset ### Author: Shicheng Guo, Ph.D. Email: Shicheng.Guo@hotmail.com ### Section 1. collect luad dataset ### Section 2. collect lusc dataset ### Section 3. collect coad dataset ### Section 4. collect paad dataset ##################################################################### #################################################################################################################################### ### Section 1. luad dataset #################################################################################################################################### dir1<-"/home/sguo/monod/data/luad/" dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="") setwd(dir1) sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t") setwd(dir2) file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*") sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5] data<-c() for(i in 1:length(file)){ tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1) # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F) data<-cbind(data,tmp[,2]) print(i) } rownames(data)=tmp[,1] colnames(data)=sampleid setwd(dir1) luad<-data save(luad,file="TCGA.LUAD.450K.RData") #################################################################################################################################### ### Section 2. lusc dataset #################################################################################################################################### # obtain x,y index for paired t or wilcox test dir1<-"/home/sguo/monod/data/lusc/" dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="") setwd(dir1) sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t") setwd(dir2) file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*") sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5] data<-c() for(i in 1:length(file)){ tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1) # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F) data<-cbind(data,tmp[,2]) print(i) } rownames(data)=tmp[,1] colnames(data)=sampleid setwd(dir1) lusc<-data save(lusc,file="TCGA.LUSC.450K.RData") #################################################################################################################################### ### Section 3. coad dataset #################################################################################################################################### # obtain x,y index for paired t or wilcox test dir1<-"/home/sguo/monod/data/coad/" dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="") setwd(dir1) sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t") setwd(dir2) file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*") sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5] data<-c() for(i in 1:length(file)){ tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1) # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F) data<-cbind(data,tmp[,2]) print(i) } rownames(data)=tmp[,1] colnames(data)=sampleid setwd(dir1) coad<-data save(coad,file="TCGA.COAD.450K.RData") #################################################################################################################################### ### Section 4. paad dataset #################################################################################################################################### dir1<-"/home/sguo/monod/data/paad/" dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="") setwd(dir1) sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t") setwd(dir2) file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*") sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5] data<-c() for(i in 1:length(file)){ tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1) # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F) data<-cbind(data,tmp[,2]) print(i) } rownames(data)=tmp[,1] colnames(data)=sampleid setwd(dir1) paad<-data save(paad,file="TCGA.PAAD.450K.RData") #################################################################################################################################### ### Section 5. data merge #################################################################################################################################### load("TCGA.LUAD.450K.RData") load("TCGA.LUSC.450K.RData") load("TCGA.COAD.450K.RData") load("TCGA.PAAD.450K.RData")