TCGA Methylation Level 3 Data Colllection

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###   Title : Meta-Analysis to TCGA lung, colon and pancreatic dataset
###   Author: Shicheng Guo, Ph.D. Email: Shicheng.Guo@hotmail.com 
###   Section 1. collect luad dataset
###   Section 2. collect lusc dataset
###   Section 3. collect coad dataset
###   Section 4. collect paad dataset
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### Section 1. luad dataset 
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dir1<-"/home/sguo/monod/data/luad/"
dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="")
setwd(dir1)
sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t")
setwd(dir2)
file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*")
sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5]
data<-c()
for(i in 1:length(file)){
  tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1)  # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F)
  data<-cbind(data,tmp[,2])
  print(i)
}
rownames(data)=tmp[,1]
colnames(data)=sampleid
setwd(dir1)
luad<-data
save(luad,file="TCGA.LUAD.450K.RData")


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### Section 2. lusc dataset 
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# obtain x,y index for paired t or wilcox test
dir1<-"/home/sguo/monod/data/lusc/"
dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="")
setwd(dir1)
sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t")
setwd(dir2)
file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*")
sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5]
data<-c()
for(i in 1:length(file)){
  tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1)  # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F)
  data<-cbind(data,tmp[,2])
  print(i)
}
rownames(data)=tmp[,1]
colnames(data)=sampleid
setwd(dir1)
lusc<-data
save(lusc,file="TCGA.LUSC.450K.RData")

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### Section 3. coad dataset 
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# obtain x,y index for paired t or wilcox test
dir1<-"/home/sguo/monod/data/coad/"
dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="")
setwd(dir1)
sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t")
setwd(dir2)
file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*")
sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5]
data<-c()
for(i in 1:length(file)){
  tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1)  # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F)
  data<-cbind(data,tmp[,2])
  print(i)
}
rownames(data)=tmp[,1]
colnames(data)=sampleid
setwd(dir1)
coad<-data
save(coad,file="TCGA.COAD.450K.RData")


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### Section 4. paad dataset 
####################################################################################################################################
dir1<-"/home/sguo/monod/data/paad/"
dir2<-paste(dir1,"DNA_Methylation/JHU_USC__HumanMethylation450/Level_3",sep="")
setwd(dir1)
sampleinfo=read.table("file_manifest.txt",head=T,sep="\t")
setwd(dir2)
file=list.files(pattern="jhu-usc.edu_*")
sampleid=sampleinfo[match(file,sampleinfo[,ncol(sampleinfo)]),5]
data<-c()
for(i in 1:length(file)){
  tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F,skip=1)  # tmp<-read.table(file[i],head=T,sep="\t",as.is=F)
  data<-cbind(data,tmp[,2])
  print(i)
}
rownames(data)=tmp[,1]
colnames(data)=sampleid
setwd(dir1)
paad<-data
save(paad,file="TCGA.PAAD.450K.RData")

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### Section 5. data merge 
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load("TCGA.LUAD.450K.RData")
load("TCGA.LUSC.450K.RData")
load("TCGA.COAD.450K.RData")
load("TCGA.PAAD.450K.RData")